Navigation : Top/MATALB/mexncおよびsnctoolsのインストール

mexncおよびsnctoolsのインストール

Linuxの場合 †

2013a †

ダウンロード †

• mexnc and snctools
  • http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
    • https://sourceforge.net/projects/mexcdf/files/mexcdf/mexcdf.r4053.zip
• java files
  • http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/netcdf-java-4/index.jsp
    • netcdfAll-4.6.6.jar
    • toolsUI-4.6.6.jar

インストール †

伸長して適当なところにおいてパスを通す．

1. addpath for mexnc and snctools
   • startup.m

      '/home/mori/src/matlab/snctools:', ...
      '/home/mori/src/matlab/snctools/classes:', ...
      '/home/mori/src/matlab/mexnc:', ...

2. addpath for jar files
   • startup.m

      javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/netcdfAll-4.6.6.jar')
      javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-4.6.6.jar')
      setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',false);
      -> trueにしたらエラーになった？？？ インストール失敗

TEST †

• mexnc/mexnc/tests
  • test_mexnc.m
• mexnc/snctools/tests
  • run_snctools_tests.m

2009b †

ダウンロード †

• http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
  • mexcdf.r2802.zip
• http://mexcdf.sourceforge.net/opendap/index.php
  • netcdfAll-4.0.jar

インストール †

• 伸長して適当なところにおいてパスを通す．

  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\mexnc
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncsource
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\nctype
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncutility
  	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\snctools

• NetCDF JAVA
  • startup.m

     javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/netcdfAll-4.0.jar')
     javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-4.0.jar')
     setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',false);
     -> trueにしたらエラーになった？？？ インストール失敗

TEST †

• mexnc/mexnc/test
  • test_mexnc
• mexnc/snctools/test
  • test_snctool

2008b †

2008bからエンジン(DLL)はMATLABの本体を使用する．このため，インストールがとても簡単になった．

ダウンロード †

• http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
  • mexnc-2.X.X.tar

インストール †

• 伸長して適当なところにおいてパスを通す．
  • mexnc

    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\mexnc
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncsource
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\nctype
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\netcdf_toolbox\netcdf\ncutility
    	C:\Users\mori\src\matlab\mexcdf\snctools

  • OPeNDAP
    • startup.m

       javaaddpath('/home/mori/src/matlab/classes/toolsUI-2.2.2.jar')

• 確認

  >> setpref('SNCTOOLS','PRESERVE_FVD',true); <- 配列のオーダーが変わった（デフォルト）
  or
  >> setpref('SNCTOOLS','PRESERVE_FVD',false); <- 配列のオーダーを昔に
  >> nc_dump('example.nc')
  netcdf example.nc { 
  
  dimensions:
  	x = 50 ;
  	y = 50 ;
  	z = 5 ;
  	t = UNLIMITED ; (0 currently)
  
  
  variables:
  	double avagadros_number([]), shape = [1]
  		avagadros_number:description = "this variable has no dimensions" 
  	short temperature(x), shape = [50]
  		temperature:scale_factor = 1.8 
  		temperature:add_offset = 32 
  		temperature:units = "degrees_fahrenheit" 
  		temperature:description = "F = 9/5*C + 32" 
  	float peaks(x,y), shape = [50 50]
  		peaks:description = "z = peaks(50);" 
  	long time_series(z,t), shape = [5 0]
  		time_series:description = "this variable has an unlimited  dimension" 
  
  
  //global attributes:
  		:creation_date = "09-Jun-2008" 

2007b †

ダウンロード †

http://mexcdf.sourceforge.net

1. mexcdf.tar.gz をダウンロード
2. snctools-X.zip をダウンロード
3. netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzをダウンロード

mexncのインストール †

• mexcdf.tar.gzを解凍し、mexncの下にあるmakefileをコンパイルする．
• ifortの環境ではmexopts.shに以下の変更が必要

  CC='icc'    
  NETCDF="/usr/local/netcdf-ifort"

• mexncを生成．
  • make -f makefile
• test

  >> mexnc ( 'STRERROR', 0 )
  ans =
  No error

  ! 注意） 環境に合わせてmexopt.sh（サンプル）の編集が必要
  • tests/test_mexnc.mを実施して，動作確認

snctoolsのインストール †

• unzip snctools-X.zip
• pathを定義する．
• tests/test_snctoos.mを実施して，動作確認

mexcdf and snctoolsの仕上げ †

• UnidataからtoolsUI version 2.2.18 (don't use 4.0)をダウンロード．

  >> javaaddpath ( '/home/jevans/matlab/classes/toolsUI-2.2.22.jar' ) ; 
  >> setpref ( 'SNCTOOLS', 'USE_JAVA', true ); % this requires SNCTOOLS 2.4.8 or 

• USGS作成のマニュアル
• C:\MATLAB\R2007b\toolbox\local/classpath.txt にtoolsUI-2.2.22.jarを追加

NetCDF Toolboxのインストール †

• netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzを解凍し以下のディレクトリーにパスを通す．
• addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf
• addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf/nctype
• addpath /path/to/wherever/you/installed/this/netcdf/ncutility

Windows †

2009b以降 †

ダウンロード †

• http://mexcdf.sourceforge.net/downloads/
  • mexcdf.rXXXX.zip
• http://mexcdf.sourceforge.net/opendap/index.php
  • netcdfAll-4.X.jar

インストール †

• 伸長して適当なところにおいてパスを通す．

  	C:\MATLAB\mexcdf\mexnc
  	C:\MATLAB\mexcdf\snctools

• NetCDF JAVA
  • netcdfAll-4.0.jarをC:\MATLAB\R2009a\java\jarにおく

     javaaddpath netcdfAl-4.x.jar
     setpref('SNCTOOLS','USE_JAVA',true);

TEST †

• C:\MATLAB\mexcdf\snctools\test
  • test_snctool

    	Testing OPeNDAP...
    		java http testing filtered out when SNCTOOLS 'TEST_REMOTE' preference is false.
    	Testing GRIB...
    		Testing NC_ATTGET...OK
    		Testing NC_DUMP ...OK
    		Testing NC_VARGET ...  OK
    
    All  possible tests for your configuration have been run.
    
    If this is the first time you have run SNCTOOLS, then you should
    know that several preferences have been set.
    
    ans = 
    
          TEST_HDF4: 0
           USE_JAVA: 1
          USE_MEXNC: 0
       PRESERVE_FVD: 0
        TEST_REMOTE: 0
         TEST_GRIB2: 0
          TEST_HTTP: 0
       TEST_OPENDAP: 0

    OPeNDAPは動かなかった．『設定』でproxyを設定したが通っていない．？？？？

2007b †

ダウンロード †

http://mexcdf.sourceforge.net

1. mexcdf.tar.gz をダウンロード
   • 2.0.xのバージョンからLinux/Windows等すべて共通のファイルになった．
2. snctools-X.zip をダウンロード
3. netcdf_toolbox-1.XX.tar.gzをダウンロード
   • 過去のプログラムとの互換性維持のためインストールしておく
4. netcdf-javaのtoolsUI.jarをダウンロード
   • http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf-java/

mexncのインストール †

• mexcdf.tar.gzを解凍する
• netcdf.dllをmatlabのbinにおく
  • 例）C:\Program Files\MATLAB\R2007b\bin
• mexncをmatlabのパスの通る場所におく
  • 例）C:\Users\mori\src\matlab\matlab_public\netcdf
  • mexcdfをaddpathする
  • tests/test_mexnc.mを実施して，動作確認
    • この時点ではjavaの設定をしていないので一部エラーが出る．

      >> mexnc ( 'STRERROR', 0 )
      ans =
      No error

snctoolsのインストール †

解凍してパスを通すだけ

• unzip snctools-X.zip
• pathを定義する．
• tests/test_snctoos.mを実施して，動作確認

toolsUIのインストール †

• UnidataからtoolsUI version 2.2.18 (don't use 4.0)をダウンロード．

  >> javaaddpath ( 'C:\MATLAB\R2007b\java\jar\toolsUI-2.2.22.jar' ) ; 
  >> setpref ( 'SNCTOOLS', 'USE_JAVA', true ); % this requires SNCTOOLS 2.4.3 or better

• もう一度テストする
  • tests/test_mexnc.mを実施して，Java関係の動作確認

NetCDF Toolboxのインストール †

startup.mに以下を記述する。

addpath /usr/local/matlab7/toolbox/mexnc
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox/nctype
addpath /usr/local/matlab7/toolbox/netcdf_toolbox/ncutility

matlabを起動し、mexnc/test/test_mexnxを実行するとテストプログラムが起動する。 ちゃんと起動したら、正しくインストールされたことになる。

Archive †

• netcdf - R2006a
• netcdf - R14

MENU

• INTRODUCTION
• RESEARCH
• EDUCATION
• MEMO
  • COMPUTER
  • RESEARCH

• ETC

• LINK

最新の5件

Counter

• Total : 7272
• Today : 1
• Yesterday : 1

[ 編集 | 新規 | 添付 ]   [ ヘルプ ]

page-name: MATALB/mexncおよびsnctoolsのインストール

last-modified: 2016-11-30 (水) 15:22:58